一般来说，具有专业资质和良好信誉的司法鉴定机构在商业秘密鉴定方面是合法的。这些机构通常拥有专业的技术人员和先进的鉴定设备，能够依据相关法律法规和鉴定标准进行客观、公正的鉴定。
例如，一些国家级的司法鉴定机构，它们在鉴定领域具有较高的权威性和公信力。同时，一些在特定行业领域具有丰富经验的专业鉴定机构，也可以为商业秘密鉴定提供专业服务。
在选择鉴定机构时，应确保其具备合法的资质和经营范围，并且在鉴定过程中遵循严格的程序和规范，以保证鉴定结果的准确性和可靠性。此外，双方当事人也可以在鉴定过程中对鉴定机构的行为进行监督，确保鉴定工作的公正、公平。
