医院聘用制和合同制主要有以下区别：
1. 法律性质方面，聘用制通常是指用人单位根据工作需要，通过签订聘用合同，以平等自愿、协商一致的原则，聘用专业技术人员或管理人员等，属于一种人事管理制度;合同制则更侧重于通过合同约定双方的权利和义务，在法律层面上与一般的民事合同有相似之处。
2. 合同期限上，聘用制的合同期限相对灵活，可根据单位需求和个人情况等确定，可能有短期、中期或长期;合同制的合同期限则较为明确，一般会规定具体的起始和结束时间。
3. 福利待遇方面，虽然两者都应按照国家和单位的规定提供相应待遇，但在实际操作中，可能因单位政策和合同约定的不同而有所差异。例如，在奖金、津贴等方面，聘用制和合同制员工可能会有不同的标准和发放方式。
